种植水中木和种树类似，都是需要树种来完成。水中木树种的获取是用船只撞击海上的水中木，每个水中木都会掉落一个种子，想要等种子刷新就需要游戏内一天的时间，通常收集一片区域的种子也足够了。种子的收集到种植都离不开船只和夹夹绞盘，后者的制作蓝图需要与寄居蟹珍珠达到1点好感，赠送空置的水中信漂流瓶即可获取。
水中木种子是需要搬运的重物，所以在运送上最好先将船只开到离家更近的位置，这样也是能节省后续搬运的时间，配合传送工具或者骑乘皮弗牛都可以轻松搬运。种植水中木种子就需要船只上的夹夹绞盘，将种子丢到海中，确保能看到种子在海里的阴影就可以保证后续的成长。在两天左右种植就会长成小的疙瘩树，再过一天左右就能长成中等体型，后续还需要三天左右的时间，就能变成大疙瘩树。
此时继续成熟就需要玩家给它施肥，才能保证后续生长，不然他就会和其他树木一样重新回到小体积重复生长，而不是变成最终的参天水中木。使用无花果和格罗姆粘液就能在耕种制作栏里，得到四个树果酱，无花果也是水中木区域可以直接采摘的物品。用树果酱对着大疙瘩树施肥，整颗树就会变绿，大概四天左右树木就会再次枯萎，此时就需要再次施肥，反复施肥四次再等待四天左右水中木就会长出。
